Proclamarea la 27 august 1991 a independentei Republicii Moldova a constituit un efort reformator a instituţiilor statale.

În scopul reglementarii activităţii structurilor Apărării Civile a Republicii Moldova şi în conformitate cu declaraţia de independenţă a Republicii Moldova, în anul 1991, Preşedintele Republicii prin Decretul nr.244 din 24 decembrie 1991 "Cu privire la Apărarea Civilă a Republicii Moldova" a decretat trecerea sub jurisdicţia Republicii Moldova a Statului Major al Apărării Civile, a instituţiilor şi organelor lui de comandă, precum şi a unităţilor militare ale Apărării Civile a URSS, dislocate pe teritoriul republicii.

Prin decretul menţionat s-a stabilit că toate bunurile Statului Major al Apărării Civile a Republicii Moldova şi ale instituţiilor din subordine, armamentul şi baza tehnico-materiala a unităţilor militare ale Apărării Civile a URSS, dislocate pe teritoriul republicii sunt proprietatea Republicii Moldova.

În continuare prin Hotărârea Guvernului Republicii Moldova nr.265 din 14 mai 1993 Statul Major al Apărării Civile a fost trecut în subordinea Ministerului Apărării.

Apoi, prin Directiva Marelui Stat major al Forţelor Armate ale Republicii Moldova nr.17/018 din 01 septembrie 1993 Statul Major al Apărării Civile a fost reorganizat în Departamentul Protecţie Civilă şi Situaţii Excepţionale.

Ţinând cont de faptul că sistemul protecţiei civile în majoritatea ţărilor dezvoltate este separat de Forţele Armate şi specificul administrării protecţiei civile în regim cotidian, cît şi în situaţii excepţionale prin intermediul organelor administrative publice centrale, locale şi agenţilor economici, Guvernul Republicii Moldova prin Hotărârea nr.541 din 02 octombrie 1996 a retras Departamentul Protecţie Civilă şi Situaţii Excepţionale din subordinea Ministerului Apărării, precum şi Direcţia Pompieri si Salvatori din subordinea Ministerului Afacerilor Interne, cu toate structurile lor departamentale, tehnica, patrimoniul, fondurile de bază şi de altă natură, care au fost incluse în componenţa Departamentului.

Prin Legea Republicii Moldova nr.75-XV din 18 aprilie 2001 "Pentru modificarea si completarea Legii nr.64-XM" din 31 mai 1990 denumirea departamentului a fost schimbată, numindu-se Departamentul Situaţii Excepţionale.

În legătură cu aprobarea noii structuri a administraţiei publice conform Hotărârii Guvernului nr.357 din 23.04.2005 "Privind masurile de reorganizare a unor ministere şi autorităţi administrative centrale ale Republicii Moldova" Departamentul Situaţii Excepţionale se reorganizează în componenta Ministerului Afacerilor Interne. Principiile fundamentale de organizare a Protecţiei Civile în republica, sarcinile ei, cadrul juridic al activităţii în acest domeniu, sunt stabilite de Legea "Cu privire la protecţia civila" nr.271-XIII din 09 noiembrie 1994.

Protecţia civilă a Republicii Moldova reprezintă un sistem de masuri şi acţiuni, întreprinse pe scara întregului stat pe timp de pace şi de război, în vederea asigurării protecţiei populaţiei, proprietăţii în condiţiile calamităţilor naturale şi ecologice, avariilor şi catastrofelor, epizootiilor, incendiilor.